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Dieses Thema hat 18 Antworten
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jannis Offline




Beiträge: 83

27.04.2006 13:07
Fragen an Biologe antworten

Hallo Biologe,

worüber hast Du in deiner Doktorarbeit geschrieben?

Was sind Transportvesikel und welche Aufgaben haben sie?

Wie werden heute in der Wissenschaft Viren isoliert?

Wie funktioniert die PCR?

bitte verständlich für alle Laien. DANKE!

weitere Fragen folgen.


Viele Grüsse
Jannis

Der Horizont vieler Menschen ist ein Kreis mit Radius Null und das nennen sie ihren Standpunkt - Albert Einstein

Biologe Offline



Beiträge: 169

02.05.2006 18:07
#2 RE: Fragen an Biologe antworten

Zitat von jannis
Hallo Biologe,
worüber hast Du in deiner Doktorarbeit geschrieben?
Was sind Transportvesikel und welche Aufgaben haben sie?
Wie werden heute in der Wissenschaft Viren isoliert?
Wie funktioniert die PCR?
bitte verständlich für alle Laien. DANKE!
weitere Fragen folgen.
Viele Grüsse
Jannis
Der Horizont vieler Menschen ist ein Kreis mit Radius Null und das nennen sie ihren Standpunkt - Albert Einstein

Hallo Jannis

Wie kommst Du darauf, dass ich eine Doktorarbeit geschrieben habe, nachdem Karl mir sogar eine Wiederholung des Grundstudiums nahe legte? Wäre ich ohne eigene Dissertation weniger geeignet für Diskussionen?

Zu Deinen anderen Fragen:
Transportvesikel sind membranumgrenzte Bestandteile des Endomembransystems, ca. 40-100 nm im Durchmesser. Ihre Aufgabe erschliesst sich aus dem Namen, sie transportieren Proteine, Lipide oder sonstige Bausteine, durch das Zytoplasma, meist entlang von Zytoskelett-Bestandteilen. Z.B. alles was Du makroskopisch an Dir siehst, wurde anhand von Transportvesikeln an die Oberfläche der produzierenden Zellen sezerniert und dort ausgeschieden (Kollagen als Bestandteil der Haut/Haare/Fingernägel).

Virenisolation: Da ich selbst nie Viren isoliert habe, muss ich mich auf die Aussagen anderer verlassen. Eine aktuelle Arbeit aus dem humanpathologischen Bereich habe ich Dir als PDF angehängt. Es gibt – wie so oft in der Biologie – kein 'Standart-Rezept'. Je genauer man die Isolation haben will, desto feiner muss man sie auf 'sein Virus' anpassen.

Die Polymerase-Chain-Reaktion (PCR, Nobelpreis 1983 an Mullis) zur Vermehrung von DNA ist auf http://de.wikipedia.org/wiki/PCR ganz gut erklärt. Das kann ein Laie nur bedingt verstehen, er/sie muss sich einlesen. Diese Hürde kann ich nicht abnehmen.

Für weitere Fragen bin ich offen, das weisst Du.

Beste Grüsse

ein Biologe

Dateianlage:
O'Connor+Kedes.pdf
Elena Offline



Beiträge: 519

02.05.2006 18:19
#3 RE: Fragen an Biologe antworten

Hallo Biologe,

eine Bitte habe ich an Dich : sei so gut und wiederhole bei Antwort nicht immer den ganzen Beitrag auf den Du antwortest. Das macht die ganze Sache unleserlich.

DANKE.

Elena
** Gegen die Wahrheit ist kein Kraut gewachsen **

jannis Offline




Beiträge: 83

03.05.2006 14:30
#4 RE: Fragen an Biologe antworten
Zitat von Biologe
Wie kommst Du darauf, dass ich eine Doktorarbeit geschrieben habe, nachdem Karl mir sogar eine Wiederholung des Grundstudiums nahe legte? Wäre ich ohne eigene Dissertation weniger geeignet für Diskussionen?
Sorry Biologe! Du hast dich hier als Experte ausgegeben, Du bist also kein Biologe der Naturwissenschaft?

Natürlich kann hier jeder ohne Dissertation diskutieren, ich habe ja auch keine, welche fachspezifische Ausbildung hast Du denn gemacht?


Transportvesikel sind doch auch für Reparaturprozesse und Informationsaustausch zwischen gleichen karyotischen Zellen zuständig, oder?


Also bei der Virenisolation musst Du dich auf andere Aussagen verlassen, aber warum schaust Du dir denn nicht die Publikation von 2005 mal an? (Danke für die Publikation)

Abgesehen von den beschriebenen Isolationsschritten (leider wieder lückenhaft; siehe z.B. am Anfang, langsame zentrifugation???), dokumentieren die Autoren, belegt mit drei Bilder über die verschiedenen ungereinigten Isolate.

Unter den Bildern steht es eindeutig:

A = Teilweise gefüllte, teilweise leere, teilweise dunkle Partikel.

B = der nächste Reinigungsschritt hat auch nichts gebracht, es gibt noch beträchtliche Hintergrundtrümmer!

C = auch hier ist noch keine absolute Isolation zu sehen, dass behaupten die Autoren auch nicht, sondern schreiben auch hier, eine reinere Isolation als die beiden anderen und mit verringerten Hintergrundtrümmern!

Also keine Isolation! Das geben die Autoren auch schriftlich an!



Zur PCR hast Du Wikipedia genommen, egal, wenn Du die Beschreibung akzeptierst ist das für mich kein Problem.

Dort steht:

Die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) ist eine Methode, um die Erbsubstanz DNA zu vervielfältigen, ohne einen lebenden Organismus …

und weiter,

Im Gegensatz zu lebenden Organismen kann der PCR-Prozess nur kurze DNA-Abschnitte bis zu etwa 1 kbp (1.000 Basenpaare) kopieren.

Also hier sind sich mal die Wissenschaftler und Laien ganz klar einig, dass mit der PCR-Methode NUR kurze DNA-Abschnitte kopiert werden können und damit kein Virus nachgewiesen werden kann!


Viele Grüsse
Jannis

Der Horizont vieler Menschen ist ein Kreis mit Radius Null und das nennen sie ihren Standpunkt - Albert Einstein

Heptan ( Gast )
Beiträge:

03.05.2006 15:15
#5 RE: Fragen an Biologe antworten

Jannis, bei der Bewertung von PCR liegst du falsch. Ja, es werden nur kurze Stücke amplifiziert, aber du kannst an verschiedenen Orten starten und überlappungen produzieren. So kannst du den gesammten genetischen Code zusammensetzten. Man kann damit das ganze Genom charakterisieren.

Biologe Offline



Beiträge: 169

03.05.2006 15:17
#6 RE: Fragen an Biologe antworten
Hallo Jannis

Dann beantworte ich mal Deine Fragen:

In Antwort auf:
Transportvesikel sind doch auch für Reparaturprozesse und Informationsaustausch zwischen gleichen karyotischen Zellen zuständig, oder?

Die Transportvesikel sind eigentlich als intrazellulär definiert. Die Vesikel können natürlich auch Material nach aussen und zu anderen Zellen abgeben, z.B. die sekretorischen Vesikel mit den Neurotransmittern im synaptischen Spalt. Die meissten Transportprozesse laufen jedoch intrazellulär.

In Antwort auf:
Also bei der Virenisolation musst Du dich auf andere Aussagen verlassen, aber warum schaust Du dir denn nicht die Publikation von 2005 mal an? (Danke für die Publikation)
Abgesehen von den beschriebenen Isolationsschritten (leider wieder lückenhaft; siehe z.B. am Anfang, langsame zentrifugation???), dokumentieren die Autoren, belegt mit drei Bilder über die verschiedenen ungereinigten Isolate.

Unter den Bildern steht es eindeutig:

A = Teilweise gefüllte, teilweise leere, teilweise dunkle Partikel.

B = der nächste Reinigungsschritt hat auch nichts gebracht, es gibt noch beträchtliche Hintergrundtrümmer!

C = auch hier ist noch keine absolute Isolation zu sehen, dass behaupten die Autoren auch nicht, sondern schreiben auch hier, eine reinere Isolation als die beiden anderen und mit verringerten Hintergrundtrümmern!

Also keine Isolation! Das geben die Autoren auch schriftlich an!


Die aktuelle Publikation habe ich mir natürlich angesehen, bevor ich sie einstellte, was denkst Du denn. Ich habe so etwas bloss selbst noch nie durchgeführt (und habe es ehrlichgesagt auch nicht vor). Die Autoren geben schriftlich an (schon in der Überschrift ), dass es sich um eine Isolation handelt, und sie zeigen die einzelnen Schritte und verschiedene Reinheitsgrade. Offenbar ist der letztlich erreichte Reinheitsgrad gut genug, um Massenspektrometrie zu betreiben. Ich verstehe gerade nicht, was Du daran auszusetzen hast.

In Antwort auf:
Zur PCR hast Du Wikipedia genommen, egal, wenn Du die Beschreibung akzeptierst ist das für mich kein Problem.
Dort steht:

Die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) ist eine Methode, um die Erbsubstanz DNA zu vervielfältigen, ohne einen lebenden Organismus …

und weiter,

Im Gegensatz zu lebenden Organismen kann der PCR-Prozess nur kurze DNA-Abschnitte bis zu etwa 1 kbp (1.000 Basenpaare) kopieren.

Also hier sind sich mal die Wissenschaftler und Laien ganz klar einig, dass mit der PCR-Methode NUR kurze DNA-Abschnitte kopiert werden können und damit kein Virus nachgewiesen werden kann!


Mit der PCR werden 'kurze' DNA-Stränge amplifiziert, wobei die Bezeichnung 'kurz' relativ ist. 1000 Basenpaare reichen doch in jedem Falle aus, um etwas eindutig zu identifizieren. Rechne mal aus, wieviele Möglichkeiten es da gibt. Um einen Menschen (z.B. einen Täter) zu identifizieren, brauchst Du ja auch nicht den kompletten Mensch. Das Gebiss oder z.B. sogar nur eine Hand bzw. ein Finger mit entsprechendem Fingerabdruck genügt vollkommen.

Edit: sehe gerade die Antwort von Heptan. Das stimmt, das komplette Genom lässt sich mit den überlappenden Sequenzen charakterisieren. Kommt halt darauf an, was man machen will. Ein bekanntes Virus nachweisen (ähnlich einem Fingerabdruck, der ja auch unvollständig sein kann, solange er bestimmte Charakteristika aufweist), oder ein neues Virus bzw. Subtyp klassifizieren. Das ist natürlich aufwendiger.


Weitere Fragen?

Beste Grüsse

ein Biologe

jannis Offline




Beiträge: 83

03.05.2006 16:11
#7 RE: Fragen an Biologe antworten

Lieber Biologe,

erst mal DANKE! für deine Antworten, aber die erste Frage hast Du nicht beantwortet, warum? Hast Du ein Diplom?

Zitat von Biologe
Die Autoren geben schriftlich an (schon in der Überschrift ), dass es sich um eine Isolation handelt, und sie zeigen die einzelnen Schritte und verschiedene Reinheitsgrade. Offenbar ist der letztlich erreichte Reinheitsgrad gut genug, um Massenspektrometrie zu betreiben. Ich verstehe gerade nicht, was Du daran auszusetzen hast.
Anscheinend hast Du doch nicht die Überschrift gelesen; Purified = Gereinigt und nicht Isolated = Isoliert, oder habe ich da was übersehen?

Na klar, reinigen kann man unterschiedlich, aber wenn ich etwas isoliere muss ich auch nur das Isolierte vorweisen und nicht mit anderen Bestandteilen etwas als Isoliert verkaufen.

Wenn ich meiner Tochter aus mehreren unterschiedlich großen + bunten Kugeln die Roten mit gleicher Größe rausisoliere und in eine Schale reinlege, dürfen nur rote + gleichgroße Kugeln in der Schale liegen. Dann kann ich sagen, dass ich die Roten Kugeln isoliert habe, sind aber in der Schale auch grüne, blaue und unterschiedlich große Kugeln in der Schale, darf ich nicht mehr von einer Isolation sprechen, ich kann allenfalls von einer groben Reinigung sprechen.


Nochmals zur PCR: Mit der PCR-Methode kann man NUR kurze DNA duplizieren und kein Virus vermehren, also um es für die Laien zu vereinfachen;

Die PCR ist ein DNA-Sequenz-Kopierer!

Du schreibst auch das man mit der PCR ein bekanntes Virus nachweisen kann, dass ist FALSCH!

Du kannst mit der PCR NUR DNA-Sequenzen vermehren und sonst nichts anderes mit der PCR machen, nur immer und immer wieder DNA-Sequenzen vermehren!


Viele Grüsse
Jannis

Der Horizont vieler Menschen ist ein Kreis mit Radius Null und das nennen sie ihren Standpunkt - Albert Einstein

Heptan ( Gast )
Beiträge:

03.05.2006 16:33
#8 RE: Fragen an Biologe antworten

Ich sehe dein Problem mit der PCR nicht. Natürlich kann man damit ein Virus nachweisen. Wenn ich die Sequenz des Virus kenne, sogar sehr leicht, da ich einfach nur den Code der PCR vervielfältigten Kopien mit dem des bekannten Virus vergleichen muss und schon habe ich die Bestätigung. Die Methode ist sehr eindeutig und schnell. Es funktioniert so ähnlich wie der genetische Fingerabdruck in der Kriminalistik.
Auch die genetische Information neuer Viren kann ich so nachweisen. Zuerst muss ich sie isolieren und dann das Genom sequenzieren. Dabei stelle ich "kurze" DNA Stücke her welche sich überlappen. Die kann ich dann zusammensetzten. Das geht, da es ja überlappende Sequenzen hat. Und das kann ich solange machen, bis ich das vollständige Genom des Virus kenne.
PCR wird ja hier auch nur zum kopieren benutzt um genügend Material zum Sequenzieren zu haben. Ich sehe echt nicht wo du hier ein Problem hast, aber die Methode funktioniert 100%ig.

Biologe Offline



Beiträge: 169

03.05.2006 16:49
#9 RE: Fragen an Biologe antworten

In Antwort auf:
Lieber Biologe,

erst mal DANKE! für deine Antworten, aber die erste Frage hast Du nicht beantwortet, warum? Hast Du ein Diplom?


Hi Jannis

Sag' mal, warum ist Dir das eigentlich so wichtig? Wen ich in einer Diskussion nicht durch Argumente überzeugen kann, den überzeuge ich doch auch nicht mit Titeln oder einem Diplom. Zumal das kein Garant für 'Allwissenheit und grundsätzliches Rechthaben' ist. Ich mikroskopiere gern und kenne mich da ein wenig aus, das wirst Du ja schon gemerkt haben. Alles andere ist hier im Forum zweitrangig.

In Antwort auf:
Anscheinend hast Du doch nicht die Überschrift gelesen; Purified = Gereinigt und nicht Isolated = Isoliert, oder habe ich da was übersehen?
Na klar, reinigen kann man unterschiedlich, aber wenn ich etwas isoliere muss ich auch nur das Isolierte vorweisen und nicht mit anderen Bestandteilen etwas als Isoliert verkaufen.

Wenn ich meiner Tochter aus mehreren unterschiedlich großen + bunten Kugeln die Roten mit gleicher Größe rausisoliere und in eine Schale reinlege, dürfen nur rote + gleichgroße Kugeln in der Schale liegen. Dann kann ich sagen, dass ich die Roten Kugeln isoliert habe, sind aber in der Schale auch grüne, blaue und unterschiedlich große Kugeln in der Schale, darf ich nicht mehr von einer Isolation sprechen, ich kann allenfalls von einer groben Reinigung sprechen.


Egal, ob Du die Prozedur nun 'Reinigung (purification)' oder 'Isolierung (isolation)' nennst. Im Endeffekt hast Du eine Anreicherung bestimmter Partikel/Organellen/Murmeln. Je reiner, je besser. Diese wird allerdings nie 100% betragen, zumindest nicht bei biologischen Material. Dass eine Massenspektrometrie möglich war (sehr empfindlich), spricht jedenfalls dafür, dass es mehr als eine 'grobe Reinigung' (eine vollkommen willkürliche Bezeichnung) ist.

In Antwort auf:
Nochmals zur PCR: Mit der PCR-Methode kann man NUR kurze DNA duplizieren und kein Virus vermehren, also um es für die Laien zu vereinfachen;

Die PCR ist ein DNA-Sequenz-Kopierer!

Du schreibst auch das man mit der PCR ein bekanntes Virus nachweisen kann, dass ist FALSCH!

Du kannst mit der PCR NUR DNA-Sequenzen vermehren und sonst nichts anderes mit der PCR machen, nur immer und immer wieder DNA-Sequenzen vermehren!


Damit hast Du recht. Die eigentliche PCR ist lediglich die DNA-Sequenz-Amplifikation. Zum 'Prozess der PCR' gehört aber auch die anschliessende Kontrolle des PCR-Produktes. Mit einem Gel aufgetrennt, siehst Du den genetischen Fingerabdruck des Täters, oder Virus oder was immer Du untersuchen wolltest. Das steht aber alles im Wikipedia-Artikel.

Ich weiss auch immer noch nicht, auf was Du hinaus willst. Aber frage ruhig weiter...

Beste Grüsse

ein Biologe

patriot Offline



Beiträge: 2

03.05.2006 22:05
#10 RE: Fragen an Biologe antworten

In Antwort auf:
Ich sehe dein Problem mit der PCR nicht. Natürlich kann man damit ein Virus nachweisen. Wenn ich die Sequenz des Virus kenne, sogar sehr leicht, da ich einfach nur den Code der PCR vervielfältigten Kopien mit dem des bekannten Virus vergleichen muss und schon habe ich die Bestätigung. Die Methode ist sehr eindeutig und schnell. Es funktioniert so ähnlich wie der genetische Fingerabdruck in der Kriminalistik.

Woher willst du die Sequenz eines Virus kennen , wenn es doch bis heute noch nicht nachgewiesen ist ? Das solltest du mir mal näher erläutern!!

Dateianlage:
virus.doc
Dany Offline



Beiträge: 283

03.05.2006 22:44
#11 RE: Fragen an Biologe antworten

Hallo Patriot,

willkommen im Forum, wie bist du denn zu uns gestossen? Wünsche dir viel Freude und vor allem Info hier im Forum.

Liebe Grüße Dany

Wer den Weg der Wahrheit geht, stolpert nicht.(Mahatma Gandhi)

patriot Offline



Beiträge: 2

03.05.2006 23:11
#12 RE: Fragen an Biologe antworten
In Antwort auf:
Hallo Patriot,

willkommen im Forum, wie bist du denn zu uns gestossen? Wünsche dir viel Freude und vor allem Info hier im Forum.

Liebe Grüße Dany



Ich bin schon längere Zeit hier im Forum . Nur aus irgend einem Grund sind meine etwa 12 Beiträge nicht mehr zu finden.Die meiste Zeit verbringe ich mit lesen von Beiträgen .
MfG Klaus

Heptan ( Gast )
Beiträge:

04.05.2006 08:17
#13 RE: Fragen an Biologe antworten

Patriot, es gibt viele Viren die bekannt sind und charakterisiert sind und deren genetischer Code bekannt ist. Und falls der genetische Code noch nicht bekannt ist, kannst du den nach der Methode die ich oben beschrieben habe sequenzieren, sprich herausfinden.

jannis Offline




Beiträge: 83

04.05.2006 15:28
#14 RE: Fragen an Biologe antworten

Zitat von Biologe
Wen ich in einer Diskussion nicht durch Argumente überzeugen kann, den überzeuge ich doch auch nicht mit Titeln oder einem Diplom.
Das hast Du vollkommen richtig erkannt!

Weiter zur Isolierung:

Du schreibst, „Je reiner, je besser“

Warum ist die Reinigung so WICHTIG?

Was kann man mit der Gelelektrophorese durchführen?
Bitte NUR die Funktion erklären. DANKE!


Viele Grüsse
Jannis

Der Horizont vieler Menschen ist ein Kreis mit Radius Null und das nennen sie ihren Standpunkt - Albert Einstein

Biologe Offline



Beiträge: 169

04.05.2006 16:04
#15 RE: Fragen an Biologe antworten

Hi Jannis

In Antwort auf:
Du schreibst, „Je reiner, je besser“

Warum ist die Reinigung so WICHTIG?



Du fragst mich gerade, warum bei einer Reinigung/Isolation die Reinigung so wichtig ist?

Gerade in der Massenspektrometrie stören kleinste Verunreinigungen, da man immer mit der Gesamtprobe arbeitet. Beim Negativ-Korntrast-EM kann man ja noch selektieren, und fotographiert eher die gesuchten Partikel als den Debris.


In Antwort auf:
Was kann man mit der Gelelektrophorese durchführen?
Bitte NUR die Funktion erklären. DANKE!

Ganz allgemein: mit einer Elektrophorese trennt man verschiedene Moleküle auf...egal, ob DNA, RNA oder Proteine. Näheres zur Funktion kannst Du hier: http://www.analytik.de/Rubriken/elektrophorese.html nachlesen, oder wiederum Wikipedia entnehmen. Dieses Wissen kann kaum in wenigen Sätzen vermittelt werden (zumal mein Spezialgebiet eigentlich die Mikroskopie ist).

Beste Grüsse

ein Biologe

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